Czeglédy ellen először 2001-ben emelt vádat az ügyészség adócsalás, magánokirat-hamisítás és számviteli fegyelem megsértésének vétségével. Ennek következtében 2002-ben másodfokon 1 év 4 hónap börtönbüntetésre ítélték, amelynek végrehajtását 2 évre felfüggesztették. Ebben az időszakban az MSZP-n belül semmilyen tisztséget nem viselt, a közéletben viszont továbbra is aktív szereplő maradt. A 2006-os önkormányzati választások alkalmával a helyi pártszervezet ismét bizalmat szavazott neki egyéniben, ahol a választók nagy többséggel be is választották a közgyűlésbe, a ciklus elejétől pedig alpolgármesteri posztot is kapott. 2010-ben és 2014-ben is újraválasztották egyéni választókerületében, ezt követően a baloldali frakció vezetője volt a városi közgyűlésben.
Czeglédy ellen több bűncselekmény, így bűnszervezetben, üzletszerűen elkövetett, különösen jelentős vagyoni hátrányt okozó költségvetési csalás és gazdasági csalás bűntette miatt folyik eljárás. A gyanú szerint ugyanis 2011 és 2017 közt az általa működtetett munkaerő-közvetítő hálózat az állami büdzsének több mint 6 milliárd forintos vagyoni hátrányt okozott azzal, hogy a cégháló részét képező iskolaszövetkezetek nem fizették megfelelően az áfát és az szja-t. Czeglédyt 2017 júniusában bűnszervezetben elkövetett nagy értékű adócsalás elkövetésével vádolta meg a Csongrád Megyei Főügyészség. A vád szerint összesen több, mint 3 milliárd forint szja-t és áfát csalt el a Czeglédy érdekeltségébe tartozó többszintű vállalati csoport, amelyben komoly nehézséget okoz a felelősségi viszonyok tisztázása. Czeglédy 2017 júniusától 2018 decemberéig előzetes letartóztatásban volt, annak ellenére, hogy 2018 márciusában az országgyűlési választások előtt független képviselőként indult volna egyéniben, ám mentelmi jogát a legfőbb ügyész kérésére felfüggesztették, így előzetes letartóztatása nem szűnt meg.
A nyomozás során a jobboldali sajtóban felmerült, hogy az adócsalásban bizonyos szinten több magasabb rangú baloldali közéleti személyiség is érintett volt, 2018 tavaszán a NAV Dobrev Klárát is kihallgatta az ügy tanújaként. Ügyészségi dokumentumokból 2018 decemberében az derült ki, Czeglédyt már nem a fentiek elkövetésével, hanem felbujtással gyanúsítják: kétrendbeli felbujtóként gyanúsítható a költségvetési csalással, társtettes a gazdasági csalás elkövetésében, és szintén felbujtóként volt köze hamis magánokiratokhoz is. Az ügyben 2019. februárjában történt vádemelés, az Ügyészség közleménye a következőképpen szól:
“A vádirat szerint dr. Czeglédy Csaba, mint a szombathelyi székhelyű Humán Operátor Zrt. igazgatóságának elnöke és tényleges ügyvezetője a 2011. évtől kezdődően egy olyan bűnszervezetet hozott létre, amelynek célja a döntően diákmunkaerő közvetítéssel foglalkozó részvénytársaság adófizetési kötelezettségének csökkentése általános forgalmi adó adónemben, valamint a diákmunkához kapcsolódó más közterhek, így a személyi jövedelemadó megfizetése alóli mentesülés volt. A bűnszervezet működtetésében a vádirat szerint 21 személy vett részt 8 iskolaszövetkezet, 2 korlátolt felelősségű társaság és 1 részvénytársaság keretében. A bűnszervezet a 2011. és 2017. év közötti időszakban általános forgalmi adó adónemben 3 milliárd 254 millió 729 ezer, míg egyéb adók és járulékok tekintetében 2 milliárd 960 millió 976 ezer forint, azaz mindösszesen 6 milliárd 215 millió 705 ezer forint vagyoni hátrányt okozott az állami költségvetésnek. Mindezek alapján a Csongrád Megyei Főügyészség a bűnszervezet működésében való közreműködésük szerint különösen jelentős vagyoni hátrányt okozó költségvetési csalás bűntette, valamint hamis magánokirat felhasználásának vétsége miatt emelt vádat a vádlottakkal szemben. A főügyészség dr. Czeglédy Csabát és két társát a Humán Operátor Zrt. működésével összefüggésben elkövetett gazdasági csalás bűntettével is vádolja.”
Az érintett, Gyurcsány Ferenc volt miniszterelnök és más ellenzéki politikusok szerint Czeglédy ellen koncepciós eljárás zajlik.