1999-ben alapították az index.hu mögött álló index.hu Rt.-t, mely később Zrt.-vé alakult. Első tulajdonosa és finanszírozója Kőrös Ákos cége, az Interventra Kft. volt,ő Szőllösi Gáborral 75 %-ot tulajdonolt a részvénytársaságból. A tulajdonosi körhöz tartozott még az egykori INteRNeTTo-s csapat néhány tagja is, mint Nyírő András, Gerényi Gábor és Uj Péter is. A befektetőknek 25 %-os tulajdonrészük volt az Rt.-ben. Az év decemberében Nyírő távozott. 2000 tavaszára több nagy befektető is tulajdonrészt szerzett a cégben, ezek együttesen 25,1 %-os tulajdonlást tudtak magukénak. Nem sokkal ezután az Intel Capital is tulajdonosi hányadot szerzett. 2001-ben Csepi Lajos lett a kiadó vezérigazgatója, aki az Állami Vagyonkezelő Rt. korábbi vezetője volt. 2002 elejére csődhelyzet alakult ki, a megmentő a Kóka János és Bajnai Gordon tulajdonában lévő Wallis Rt. leányvállalata volt. A Webigen néven beszálló cég a részvények egyharmadát vásárolta meg. 2005-ben ezt a vállakozást Nobilis Kristóf vette meg, ennek hatására az akkor már Index.hu Zrt. néven futó cég a CEMP (Közép-európai Média Rt) tulajdonába került. Vélekedesek szerint Nobilis Spéder Zoltán egyik strómanja volt csupán: hamarosan be is igazolódott a gyanú, ugyanis Spéder Zoltán 2006-ban bevásárolta magát az Indexbe, megvéve a Wallis Rt részesedését. Innentől határozottan ő vált a háttérben a valódi tulajdonossá. Ez volt index.hu első nyereséges éve.
2009 óta a hírdetéseket a CEMP értékesíti. 2014-ben a Simicska Lajos érdekeltségébe tartozó Pro-Ráta Zrt opciós jogot szerzett az Index-beli tulajdonszerzésre, mely jogot 3 évvel később, már az Orbán-Simicska konfliktus idején érvényesített az üzletember. A Pro-Ráta ekkor tulajdonjogáról lemondva a Magyar Fejlődésért Alapítványnak adta át a kiadóvállatot. Ezt az alapítványt az NP Nanga Parbat Zrt. hozta létre pár hónappal korábban. Az alapítvány kuratóriumának elnöke Bodolai László, az index.hu jogásza lett. 2018-ban Simicska Lajos eladta érdekeltségeit Nyerges Zsolt üzletembernek. A CEMP-et időközben Spéder Zoltán két magánszemélynek adta el: Ziegler Gábornak, a CEMP Sales House ügyvezetőjének, illetve Oltyán Józsefnek, aki a Regon Média tulajdonosa és vidéki online médiahálózatot működtetett, valamint KNDP-s politikus volt. Ők ketten vették meg az NP Nanga Parbat Zrt.-t is, ezzel befolyást szereztek az Index hirdetései felett. A portál ezt követően támogatói kampányokba kezdett.
2020. július 22-én az Index.hu Zrt. igazgatóságának elnöke kezdeményezte Dull Szabolcs főszerkesztő elbocsátását. A szerkesztőség tagjai ezzel nem értettek egyet, és július 24-én nagy részük, több mint 80 munkatárs felmondott. 2020. november 23-án Szombathy Pál vezérigazgató-főszerkesztő távozott, a cég vezetését Starcz Ákos vette át. Bodolai László marad a csoport médiajogásza. Ezzel egyidőben az z Indamedia Network Zrt. bejelentette: visszavásárolják a Magyar Fejlődésért Alapítványtól (MFA) az Index.hu Zrt. részvényeit, így a jövőben az újság az Indamedia-csoport tagjaként folytatja működését. Az Indamedia tulajdonosai Ziegler Gábor és Vaszily Miklós.
